ワークフローとトリガーを同時に使用する際トリガーを 2 回起動しない方法はありますか？

専用の Static field を持つクラスを使用し、トリガーを初回起動かどうかを判定することで、上記現象を回避することができます。

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Salesforce の Static field はリクエストスコープの中だけで共有され、サーバー全体、または全体組織で共有されません。
このことから Static field の値を利用して、トリガーの初回の発動か否かを判断することが可能です。

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下記ドキュメントに、トリガーを初回起動かどうかを判定するサンプルが紹介されていますので、参照してください。
静的メソッドとインスタンスメソッド、変数、初期化コード

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サンプルコード
--- Apex クラス ---
public class p {
public static boolean firstRun = true;
}

--- Apex トリガー ---
trigger Trigger_001 on Test__c (before update) {
if(p.firstRun==true){
system.debug('1回目の起動です。');
p.firstRun=false;
}
else{
system.debug('2回目の起動です。');
}
}